医源性感染主要是由以下的原因造成的：
消毒不严格：
检查病人用过的器械，用后应浸泡在来苏水、新洁尔灭或过氧乙酸等溶液中灭菌，然后用自来水或蒸馏水冲洗，最后再经过高压灭菌或煮沸消毒。大量研究表明：HPV能保留在与CA接触过的不同物品上。在滤膜上进行杂交和用Southern blot技术检查过CA病人的阴道窥器上有82%可以查到HPV DNA；用滤膜杂交技术在17%未经消毒的CA病人内衣，50%检查手套，37%作过活检的镊子及54%用以冷冻CA的冷冻头上也能找到HPV的DNA。
由于HPV的抵抗性，消毒困难，检查在30%Savlon溶液（洗必泰/溴烷胺）中浸泡5min后的作过活检的1把镊子，以及在90%乙醇中浸泡1min的22个冷冻头的任取其中之一仍能查到HPV的DNA。此结果表明，检查材料的有效消毒是必要的，较好的方法是高压消毒或用2%戊二醛消毒剂。
医源性感染：
目前对于医源性感染CA的报道也越来越多，金文报告的CA医源性感染3例很说明一些问题：3例均为男性患儿，5岁2例，8岁1例。发病前3个月前在同一医院，同一手术室接受过包茎和包皮阴茎头粘连松解扩张分离术。术后分别在包皮、龟头及尿道口出现米粒大小的赘生物，表面凹凸不平，淡红色，二氧化碳激光治疗后痊愈。病理诊断符合尖锐湿疣。也有报道医师做二氧化碳激光手术致喉乳头瘤。
防护不严格：
检查和处置性病病人应做必要的防护，比如应穿工作服、带手术帽、带橡皮手套。如果手上有皮肤损伤就更应做好防护工作，以防接触感染。
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